Déclaration Crédit d’Impôt Recherche (CIR) : les 5 erreurs les plus fréquentes et comment les éviter
Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) est un dispositif fiscal qui permet aux entreprises innovantes de financer une partie de leurs projets de recherche et développement. Calculé sur la base des dépenses éligibles au crédit, il constitue un levier majeur de financement de l’innovation et peut représenter jusqu’à 30 % des dépenses engagées.
Les jeunes entreprises innovantes (JEI), les start-up, les moyennes entreprises et les grands comptes peuvent bénéficier de ce régime fiscal avantageux, cumulable avec d’autres exonérations fiscales et sociales. Toutefois, la déclaration CIR reste une démarche complexe. Elle exige rigueur et anticipation : erreurs d’éligibilité, justificatifs incomplets, confusion entre recherche et innovation… Autant de risques qui peuvent entraîner un refus de l’avantage ou un contrôle par l’administration fiscale.
Vous souhaitez sécuriser votre dossier CIR ? Les experts Skoaz vous accompagnent pas à pas dans vos démarches.
Dans cet article :
Pourquoi soigner sa déclaration CIR est essentiel
Le CIR s’applique aux entreprises soumises à l’impôt sur les sociétés ou à l’impôt sur le revenu. Il permet aux entreprises industrielles, technologiques et scientifiques de déduire de leur impôt une partie de leurs dépenses relatives aux activités de recherche : salaires des chercheurs et techniciens, dotations aux amortissements, dépenses de fonctionnement, ou encore travaux confiés à des organismes agréés.
Une déclaration CIR mal rédigée peut avoir plusieurs conséquences :
- Remise en cause des dépenses éligibles par les services fiscaux,
- Perte du bénéfice du crédit d’impôt pour l’année civile concernée,
- Pénalités fiscales et sociales en cas de mauvaise foi,
- Retard dans l’obtention du remboursement immédiat pour les PME.
D’où l’importance d’un dossier complet, structuré et conforme au Code général des impôts et aux précisions de la loi de finances.
Les 5 erreurs les plus fréquentes lors d’une déclaration CIR

Mauvaise identification des dépenses éligibles
Certaines entreprises doivent être vigilantes. La liste des dépenses éligibles est assez précise, et ne comprend pas par exemple les dépenses liées au marketing ou à la commercialisation. À l’inverse, certaines sociétés oublient parfois certaines dépenses, comme des frais liés à la normalisation. De même pour la sous-traitance si l’établissement sous-traitant est agréé.
Documentation insuffisante ou incomplète
Un dossier CIR doit démontrer le caractère scientifique des travaux. Sans un dossier justificatif complet, un suivi des temps précis ou un agrément CIR pour la sous-traitance, l’administration fiscale peut refuser l’avantage.
Confusion entre CIR et CII
Le CIR finance la recherche fondamentale, la recherche appliquée et le développement expérimental, tandis que le Crédit d’Impôt Innovation (CII) soutient la conception de nouveaux produits. Les deux dispositifs, certes proches, n’ont pas les mêmes critères d’éligibilité et ne prennent pas en compte les mêmes dépenses. Les confondre peut conduire à la non-obtention du crédit d’impôt lié au projet.
Sous-estimation des coûts indirects
Les charges sociales patronales, dotations aux amortissements relatives aux équipements ou dépenses confiées à des sous-traitants agréés sont parfois omis, alors qu’ils ouvrent droit au crédit.
Dépôt tardif ou non conforme
Le dépôt de la déclaration via le formulaire Cerfa 2069-A-SD doit être réalisé dans les délais auprès du service des impôts. Un retard impose de passer par une procédure contentieuse pour rectifier son impôt. Pour la majorité des entreprises (celles clôturant leur exercice au 31 décembre et soumises à l’impôt sur les sociétés) la date limite est le 15 mai.
Bonnes pratiques pour éviter ces erreurs lors d’une déclaration CIR

Mettre en place une méthodologie rigoureuse de suivi
- Tracer les rémunérations versées aux équipes de R&D (techniciens, ingénieurs, docteurs…).
- Conserver les justificatifs : rapports, preuves de l’activité de recherche, factures, diplômes des salariés,
- Documenter l’incertitude scientifique qui justifie l’activité de recherche : état de l’art, démarche scientifique, dossier technique.
S’appuyer sur une expertise externe
Un cabinet spécialisé maîtrise les subtilités fiscales et peut vous aider à :
- Vérifier la conformité avec le Code général des impôts,
- Préparer un dossier justificatif complet en cas de contrôle par l’administration,
- Respecter les délais pour déclarer votre montant de CIR en temps et en heure,
- Anticiper les contrôles fiscaux grâce à une expertise à jour des exigences de l’administration.
Vérifier régulièrement l’éligibilité des dépenses
- S’appuyer sur les mises à jour de la loi de finances et les notes de la Direction générale des finances publiques,
- Réévaluer les projets scientifiques et de recherche chaque année pour vérifier qu’ils restent éligibles au crédit d’impôt recherche,
- Demander un rescrit fiscal pour sécuriser l’éligibilité d’un projet de R&D.
Comment Skoaz sécurise vos déclarations CIR
Chez Skoaz, nous accompagnons :
- Les entreprises innovantes et les start-up dès leur premier exercice,
- Les entreprises industrielles qui souhaitent optimiser leurs déclarations de CIR,
- Les entreprises françaises de toutes tailles qui veulent bénéficier d’un remboursement immédiat.
Nous proposons un accompagnement complet : audit, demande de rescrit, assistance au dépôt de la déclaration CIR et accompagnement en cas de contrôle fiscal.
Conclusion
Le Crédit d’Impôt Recherche est une aide fiscale précieuse pour les entreprises aux projets innovants, qu’elles soient jeunes entreprises innovantes ou universitaires, PME ou grands groupes. Pour bénéficier du crédit d’impôt et sécuriser sa déclaration CIR, il est essentiel de respecter la réglementation, de produire un dossier justificatif solide et, si nécessaire, de recourir à un rescrit.
Être accompagné par un cabinet de conseil en financement de l’innovation est souvent la clé pour sécuriser sa demande et maximiser le montant de CIR obtenu.
Vous envisagez une déclaration CIR ? Prenez rendez-vous avec un expert Skoaz pour un premier échange gratuit et sécurisez vos démarches dès aujourd’hui.