Dépenses CIR 2025 : quelles sont les dépenses éligibles au Crédit d’Impôt Recherche ?

Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) est l’un des principaux leviers de financement public de la R&D (recherche et développement) en France. Chaque année, des milliers d’entreprises, de la start-up deeptech aux grandes entreprises industrielles, en bénéficient pour réduire leur impôt sur les sociétés (IS) ou leur impôt sur le revenu (IR).

En 2025, le CIR est un dispositif fiscal incontournable. Cependant, les règles entourant les dépenses éligibles sont strictement définies par la loi de finances et contrôlées par l’administration fiscale.

Alors, quelles sont les dépenses éligibles au CIR en 2025 ? Quelles dépenses doivent être exclues pour éviter un redressement ? Comment sécuriser et optimiser sa déclaration ?

Voici un guide complet, pensé pour les décideurs (DAF, CEO, CTO, ingénieurs, docteurs, responsables financiers) qui veulent tirer le meilleur parti du CIR tout en limitant les risques fiscaux. 

Qu’est-ce que le CIR et pourquoi est-il stratégique pour les entreprises innovantes ?

Le CIR est un dispositif fiscal qui permet aux entreprises qui ont des projets de recherche de déduire une partie de leurs dépenses de R&D de leur impôt. Concrètement, il s’agit d’un crédit d’impôt calculé sur la base des dépenses de recherche engagées pendant l’année civile.

En 2025, en France métropolitaine, le taux du crédit est fixé à :

• 30% des dépenses éligibles jusqu’à 100 M€,
• 5% au-delà de ce plafond.

Les entreprises peuvent ainsi :

• Déduire le montant de crédit d’impôt de l’IS ou de l’IR dû,
• Obtenir un remboursement immédiat selon certains critères (si elles sont JEI (jeune entreprise innovante) par exemple),
• Financer leurs travaux de recherche. 

Le CIR constitue donc un avantage fiscal majeur pour améliorer la compétitivité, soutenir la recherche fondamentale, appliquée ou expérimentale et financer de nouveaux projets innovants.

Quelles sont les dépenses éligibles au CIR en 2025 ?

Le Code général des impôts (CGI) définit précisément les catégories de dépenses ouvrant droit au crédit d’impôt recherche.

1. Dépenses de personnel

Les rémunérations et charges sociales des personnes directement affectées aux projets de recherche sont éligibles :

• Docteurs, ingénieurs, techniciens de recherche participants aux travaux.
• Jeunes docteurs : leurs salaires et charges sociales sont éligibles pour le double de leur montant pendant 24 mois après leur premier CDI, à condition qu’ils soient affectés à la R&D.
  • A noter : les avantages liés à l’embauche de jeunes docteurs ont été supprimés avec la loi de finances 2025. 

2. Dotations aux amortissements

Les amortissements des immobilisations utilisées dans le cadre des projets de recherche sont pris en compte (équipements scientifiques et techniques, matériel informatique dédié à la R&D…). Seule la fraction réellement utilisée pour la recherche est éligible.

3. Frais de fonctionnement

La loi prévoit un forfait appliqué automatiquement : 

• 40% des dépenses de personnel éligibles (avant la loi de finances 2025, le taux était de 43%).
• 75 % des dotations aux amortissements.

4. Dépenses de sous-traitance

Les dépenses confiées à des tiers sont éligibles sous certaines conditions :

• Organismes de recherche publics (universités, établissements publics, laboratoires du CNRS…) : autrefois agréés automatiquement, ils doivent aujourd’hui faire une demande d’agrément. 
• Sous-traitants privés agréés CIR.

Sont exclues de l’assiette des dépenses : 

• Sous-traitance en cascade (un sous-traitant qui délègue à un autre).
• Sous-traitance sans agrément. 
• Dépenses réalisées hors Union européenne / EEE.

5. Attention aux dépenses liées à la propriété intellectuelle 

Depuis le 16 février 2025, les dépenses liées à la protection de la propriété intellectuelle ne sont plus toutes éligibles. 

Avant la loi de finances 2025, les frais de dépôt, de maintenance et de défense des brevets ainsi que les certificats d’obtention végétale (COV) étaient intégrés dans l’assiette des dépenses. 

Aujourd’hui, seuls les frais de normalisation sont éligibles. 

Dépenses non éligibles au CIR : erreurs à éviter

De nombreuses entreprises commettent des erreurs lors de leur déclaration CIR. Les principales dépenses exclues sont :

• Frais de production, commercialisation, marketing et distribution.
• Frais de brevet et de certificat d’obtention végétale. 
• Frais de veille technologique.
• Frais administratifs et financiers (DAF, direction, juridique).
• Dépenses de R&D confiées à des organismes non agréés.
• Travaux réalisés hors UE/EEE.
• Charges non directement affectées à des opérations de recherche.

En cas de contrôle fiscal, ces erreurs peuvent conduire à un redressement et à une remise en cause partielle ou totale du crédit d’impôt. 

Être accompagné par un expert du financement de l’innovation, qui connaît les spécificités et les dernières évolutions législatives, est souvent la clé pour éviter les risques.

Comment sécuriser la déclaration des dépenses CIR ?

3 bonnes pratiques pour sécuriser sa déclaration de CIR sont : 

• établir un dossier justificatif solide,
• demander un rescrit fiscal,
• respecter les délais de déclaration. 

Préparer un dossier justificatif solide

Le dossier CIR doit contenir :

• La description des opérations de recherche menées.
• La liste des personnes affectées aux projets.
• Les justificatifs financiers (suivi des temps détaillé, salaires, factures de sous-traitance, amortissements…).
• La démonstration de l’affectation des dépenses aux activités de R&D.

Utiliser le rescrit fiscal

Le rescrit fiscal permet de demander à l’administration fiscale de confirmer l’éligibilité d’un projet avant déclaration. Cette démarche sécurise fortement l’entreprise.

Respecter les délais de déclaration

Faites votre déclaration via le formulaire Cerfa 2069-A-SD en temps et en heure, selon votre exercice fiscal. La majorité des entreprises ont un exercice fiscal sur l’année civile. Ainsi, les entreprises clôturant au 31 décembre doivent déclarer leur CIR avant le 15 mai de l’année suivante. 

Optimiser son CIR : bonnes pratiques pour obtenir le crédit d’impôt

• Anticiper les dépenses éligibles dès la définition des projets de recherche.
• Impliquer les équipes techniques et financières pour tracer correctement les dépenses engagées.
• Vérifier les agréments des sous-traitants avant signature du contrat.
• Suivre l’actualité fiscale : modifications éventuelles de la loi de finances ou recommandations de l’administration fiscale.

Conclusion : maximiser la valeur de vos dépenses CIR en 2025

Le Crédit d’Impôt Recherche reste en 2025 un outil puissant pour financer la recherche et soutenir la compétitivité des entreprises françaises.

En connaissant les dépenses éligibles, en évitant les erreurs fréquentes et en sécurisant sa déclaration grâce à un dossier justificatif solide ou à un rescrit, une entreprise peut optimiser son avantage fiscal tout en réduisant les risques.

Bien utilisé, le CIR n’est pas seulement une réduction d’impôt : c’est un levier stratégique de financement de l’innovation.

FAQ – Dépenses CIR 2025

Quelles sont les principales dépenses éligibles au CIR en 2025 ?
Les salaires des chercheurs (docteurs, ingénieurs, techniciens), les dotations aux amortissements, la sous-traitance agréée, les dépenses de fonctionnement, les frais de normalisation.

Les salaires des ingénieurs et chercheurs sont-ils pris en compte ?
Oui.

Les dépenses de sous-traitance sont-elles éligibles ?
Oui, à condition que les prestataires soient agréés CIR.

Quelles dépenses sont exclues du CIR ?
Les frais commerciaux, administratifs, financiers ou réalisés hors Europe, la sous-traitance non agréée, certains frais de protection de la propriété intellectuelle.

Comment sécuriser le CIR ?
En constituant un dossier justificatif complet, en demandant un rescrit fiscal et en s’appuyant sur un cabinet spécialisé.

Sources : Code général des impôts, Loi de finances 2025