Contrôle fiscal sur le CIR : comment anticiper et sécuriser vos dossiers ?

Le contrôle fiscal du Crédit d’Impôt Recherche (CIR) peut être une source d’inquiétudes pour de nombreuses entreprises innovantes qui investissent dans la recherche et développement (R&D). Pourtant, avec une bonne préparation, ce contrôle peut devenir une simple formalité. Comprendre pourquoi l’administration fiscale effectue ces vérifications, connaître les étapes du contrôle CIR et bien préparer les documents justificatifs sont les clés pour éviter les risques de redressement et profiter pleinement de cet avantage fiscal. Dans cet article, nous détaillons tout ce que vous devez savoir pour sécuriser votre déclaration CIR et anticiper sereinement un contrôle. Découvrez ici les meilleures stratégies pour sécuriser votre dossier et limiter les risques de redressement. 

Pourquoi l’administration contrôle-t-elle le CIR ?

Le Crédit Impôt Recherche (CIR) est un dispositif fiscal attractif conçu pour encourager les projets de recherche et développement (R&D). Il est régit par l’article 244 quater B du code général des impôts (CGI). Il permet aux entreprises innovantes de récupérer une partie du montant de leurs dépenses de recherche. Cependant, le CIR fait l’objet de contrôles réguliers de la part de l’administration fiscale. Ces contrôles ont pour but d’assurer que les projets déclarés respectent les critères d’éligibilité définis par la loi et que les dépenses de recherche comptabilisées sont en conformité avec les règles du dispositif.

Que vérifie l’administration ? Les deux points essentiels

Éligibilité des projets :

Lors d’un contrôle fiscal sur le CIR, la première vérification porte sur l’éligibilité des opérations de R&D déclarées. L’administration examine si les travaux revendiqués comme « recherche » respectent les critères scientifiques et techniques du CIR. Pour connaître les critères d’éligibilité d’un projet CIR, nous avons écrit un article dédié à ce sujet que vous pouvez retrouver ici. Des experts du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR) ou des Délégations Régionales à la Recherche et à la Technologie (DRRT) sont souvent sollicités pour évaluer la nature des activités de R&D. Ils s’assurent qu’elles relèvent bien du domaine de la recherche fondamentale, de la recherche appliquée ou du développement expérimental.

Conformité des dépenses : 

Le deuxième point de contrôle concerne les dépenses retenues dans le calcul du CIR. L’administration analyse les coûts déclarés (salaires, amortissement de matériel, dépenses de sous-traitance, brevets, frais de veille technologique, protection de la propriété intellectuelle, frais de normalisation…) pour s’assurer de leur conformité et de leur relation directe avec les activités de R&D éligibles. Elle peut notamment vérifier les fiches de paie, les contrats de sous-traitance, et les feuilles de temps des collaborateurs. Ainsi, elle s’assure que les dépenses de recherche n’ont pas été surestimées ou détournées de leur finalité initiale. Toute irrégularité ou imprécision peut entraîner un redressement du CIR, parfois lourd de conséquences pour l’entreprise.

À noter : l’administration peut déclencher un contrôle fiscal jusqu’à 3 ans après la déclaration de CIR.

Les étapes d’un contrôle fiscal CIR : De la notification aux conclusions

Le contrôle fiscal se déroule généralement en plusieurs étapes et nécessite une bonne préparation pour éviter les risques de redressement.

Comment se déroule un contrôle fiscal sur le CIR ?

1. Notification par courrier recommandé : L’administration fiscale informe l’entreprise par courrier recommandé qu’elle fait l’objet d’un contrôle CIR, précisant les documents à fournir.
2. Transmission du dossier justificatif (éléments administratifs et scientifiques) : L’entreprise a 30 jours (renouvelables) pour transmettre les justificatifs requis, incluant les documents financiers, administratifs, techniques et/ou scientifiques liés aux projets de R&D déclarés. La préparation de ce dossier en amont est donc cruciale pour respecter le délai.
3. Demande d’informations complémentaires : Si nécessaire, le vérificateur peut demander des compléments ou organiser un entretien pour clarifier certains points.
4. Remise des conclusions (accord, ajustement ou redressement) : Le contrôle se termine par un rapport indiquant les conclusions de l’administration : validation, ajustement, ou redressement du montant du CIR.

Dossier justificatif : documents clés à préparer en amont

Les pièces clés à préparer incluent les fiches de paie, factures, et un dossier technique pour chaque projet de R&D. Elles permettent de justifier l’éligibilité des dépenses et projets en cas de contrôle. 

Préparer ce dossier avant un potentiel contrôle fiscal est essentiel pour sécuriser son CIR. Nous avons rédigé un article dédié à la déclaration CIR, comprenant les étapes clés pour constituer un dossier justificatif solide. 

Risques de redressement fiscal et sanctions possibles

L’administration fiscale peut contrôler la déclaration de CIR jusqu’à 3 années après le dépôt. Autrement dit, le risque de redressement pèse sur l’entreprise pendant plusieurs années. 

Concrètement, si l’administration fiscale détermine qu’une erreur a été commise lors de la déclaration, l’entreprise devra rembourser le trop-perçu. Elle devra aussi payer des intérêts de retard. Dans certains cas plus extrêmes, des majorations peuvent être imposées à hauteur de 40% en cas de “mauvaise foi”. Elles peuvent aller jusqu’à 80% en cas d’abus de droit ou de manœuvres frauduleuses. 

Comment anticiper et limiter les risques de redressement

Il est possible d’éviter les risques liés au contrôle fiscal en sécurisant sa déclaration de CIR. En effet, il est intéressant de : 

• Constituer un dossier dès le début du projet : La rigueur est l’un des éléments déterminants pour mener à bien sa déclaration CIR. Ainsi, la collecte et l’organisation de l’ensemble des justificatifs (suivi des temps, fiches de paie, agréments, contrat de sous-traitance…) en amont et au fil de l’eau sont primordiales.
• Évaluer l’éligibilité du projet de R&D en amont : Certaines conditions doivent être respectées pour pouvoir confirmer qu’un projet est éligible au CIR. Notre guide pour réussir sa déclaration CIR aborde en détail les critères d’éligibilité d’un projet au CIR.
• Demander un rescrit fiscal : C’est un outil de sécurisation du CIR qui permet d’obtenir l’avis formel de l’administration sur l’éligibilité des travaux et/ou des dépenses de recherche engagées pour un projet. Pour en savoir plus sur le rescrit CIR, découvrez l’article dédié ici.
• Se faire accompagner par un expert : Savoir s’entourer de spécialistes du financement de l’innovation permet de s’assurer du respect des délais et des critères d’éligibilité, ainsi que de l’optimisation du montant demandé en toute sécurité.
• Demander un contrôle sur demande : Cette procédure consiste à demander à l’administration fiscale de faire un contrôle sur des éléments du projet de R&D. Ainsi, en cas de réponse favorable, l’entreprise innovante est protégée lors de contrôles ultérieurs du CIR. 

Questions fréquentes sur le contrôle fiscal du CIR

Le contrôle du CIR est de plus en plus fréquent, notamment au travers des demandes d’informations complémentaires. Mais il est important de noter qu’un contrôle n’est pas la même chose qu’un contrôle fiscal. C’est une procédure normale mise en place pour éviter les abus. 

• Combien de temps dure un contrôle fiscal ? 
  • En général, il dure entre 2 et 6 mois, mais peut parfois être plus long.
• Le contrôle est-il systématique ? 
  • Non, le contrôle n’est pas systématique mais de plus en plus fréquent. En revanche, la proportion de contrôle est plus élevée lorsque l’entreprise demande un remboursement (donc une restitution immédiate du crédit d’impôt sous forme de trésorerie) par rapport à une imputation directement sur l’impôt sur les sociétés. 
• Quelle est la probabilité d’avoir un contrôle ?
  • Entre 30 et 50% des demandes de CIR reçoivent une demande d’informations complémentaires.
• Peut-on contester les conclusions d’un contrôle fiscal ?
  • Oui, il est possible de contester les conclusions en faisant appel ou en sollicitant le comité consultatif du CIR.
• Quels documents sont indispensables pour le dossier justificatif ?
  • Les documents principaux nécessaires pour le dossier justificatif sont :
    • les contrats de travail des chercheurs et techniciens, 
    • les fiches de paie, 
    • les tableaux de suivi des temps, 
    • les agréments des prestataires, 
    • les contrats et accords de sous-traitance, 
    • les factures de brevet.

Conclusion : Anticiper, organiser et sécuriser pour un CIR sans risque

Que vous soyez une PME ou une grande entreprise, se lancer dans la demande de Crédit Impôt Recherche (CIR) est une démarche stratégique pour financer vos projets de R&D. Cependant, elle exige rigueur et anticipation pour éviter tout risque de redressement fiscal. En vérifiant l’éligibilité des projets en amont, en organisant dès le début de l’année la collecte des documents nécessaires et en constituant un dossier technique solide, vous sécurisez votre CIR et facilitez les éventuels échanges avec l’administration fiscale. Enfin, si des doutes persistent, n’hésitez pas à faire une demande de rescrit ou à faire appel à un expert du financement de l’innovation pour vous accompagner. 

Anticipation, transparence et organisation sont les clés pour bénéficier du CIR, sécuriser le montant de crédit d’impôt et tirer pleinement parti de ses avantages fiscaux.

A noter : Le Crédit Impôt Innovation (CII), parfois cumulable avec le CIR selon certaines conditions, peut également être soumis à un contrôle par l’administration. Il est ici aussi recommandé de se préparer en amont pour éviter toute pénalité et bénéficier sereinement de ce dispositif.